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SAVALnet – Scienza e Medicina

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Lui Diagnosi genetica del feto è essenziale in Assistenza prenatalee i recenti sviluppi in Sequenziamento del triplo esoma prenatale (cioè il sequenziamento simultaneo delle regioni codificanti dei genomi fetali, materni e paterni) suggerisce vantaggi diagnostici. Tuttavia, a causa della natura invasiva del prelievo fetale, il suo utilizzo è limitato ai feti che presentano anomalie strutturali identificabili. Questa limitazione lascia molte malattie monogeniche non diagnosticate perché non compaiono nel periodo prenatale, col risultato che un gran numero di neonati ne sono affetti. Disturbi infantili fatali E seriamente esausto.

Evoluzione per Test fetali non invasivi utilizzando DNA circolante Il prelievo di sangue materno ha rivoluzionato lo screening prenatale, ma la sua applicazione è stata principalmente limitata a… Cambiamenti cromosomici A causa della scarsa precisione dei test esistenti.

Per affrontare queste limitazioni, hanno sviluppato uno screening prenatale non invasivo utilizzando il sequenziamento profondo del triplo esoma. Questo metodo completo ha un'elevata sensibilità di rilevamento Varianti fetali a singolo nucleotide, piccole inserzioni e delezioni, mutazioni ad alto numero di copie e aneuploidie cromosomiche dal DNA circolante ottenuto da un campione di sangue materno (Figura 1). Questo approccio proof-of-concept sfrutta il sequenziamento dell'esoma triplex ultra-profondo con correzione degli errori per il rilevamento di varianti fetali Ancora (Nuove mutazioni non ereditarie) con elevata precisione. Queste sono le ragioni principali Gravi disturbi dello sviluppo infantile.

Figura 1: Prestazioni e flusso di lavoro dello screening prenatale non invasivo con sequenziamento profondo del triplo esoma.

In questo studio, hanno reclutato 36 donne incinte e i loro partner. I principali criteri di inclusione erano la misurazione Traslucenza nucale Almeno 5 mm, è stata identificata almeno un'anomalia fetale durante il primo o il secondo trimestre di gravidanza, o entrambi. Hanno fatto a Il sequenziamento dell'esoma è molto profondo nel DNA libero Estratto dal plasma materno, ottenendo un'elevata copertura di sequenziamento per ciascun campione. È stato utilizzato un processo personalizzato per denominare e filtrare accuratamente le varianti, inclusa la correzione degli errori utilizzando identificatori molecolari univoci, modellando il rumore specifico del sito e la stima della frazione fetale che variava dal 3,72 al 19%.

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È stata eseguita l'analisi del triplo esoma, inclusi campioni di plasma materno e sangue dei genitori corrispondenti, per identificare le varianti ereditate dal feto e dal padre. Le prestazioni dello screening prenatale non invasivo mediante sequenziamento profondo del triplo esoma sono state valutate utilizzando i risultati ottenuti con questo nuovo metodo, rispetto al sequenziamento invasivo dell'intero esoma, al sequenziamento dell'intero genoma e all'analisi genetica. Microarray Cromosomi da villi coriali o campioni di liquido amniotico per tutti i casi.

Sono stati identificati i seguenti Varianti patogene fetali AncoraChe sono considerati clinicamente rilevanti durante la gravidanza: Quattro mutazioni di un singolo nucleotide, una piccola delezione, due trisomie somatiche, un'aneuploidia dei cromosomi sessuali, due varianti ad alto numero di copie e una traslocazione sbilanciata. Tutte le mutazioni rilevate con questo metodo non invasivo sono state confermate in campioni fetali ottenuti chirurgicamente. Questi sono coerenti con il fenotipo fetale e forniscono a Diagnosi genetica In 11 su 36 gravidanze. Nei 36 casi non sono state identificate varianti aggiuntive mediante analisi invasive, pertanto è stato osservato un accordo completo tra l'analisi prenatale non invasiva e quella invasiva, con il rilevamento del 100% di varianti patogene. Ancora.

Per valutare la rappresentazione dell'esoma fetale nel DNA circolante, hanno ampliato l'analisi per includere tutte le varianti della sequenza fetale ereditate per via paterna all'interno della regione codificante. La sensibilità media del nuovo metodo per rilevare queste mutazioni in tutti i geni codificanti proteine ​​era del 95,12%.

In un sottoinsieme di campioni di plasma, questa nuova tecnica ha rilevato un piccolo numero di varianti di origine sconosciuta, che non sono state identificate nei corrispondenti campioni ottenuti chirurgicamente. Tuttavia, nessuno di questi casi è stato considerato clinicamente rilevante o ha richiesto ulteriori test.

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In questo metodo non invasivo vengono inclusi campioni di entrambi i genitori, consentendo l'identificazione dello screening del portatore in entrambi i genitori Gravidanze che hanno maggiori probabilità di avere disturbi recessivi. Questo approccio di test dimostra di poter determinare con precisione l'eredità fetale delle mutazioni paterne quando la madre non è portatrice. Confermare la presenza di una variante ereditata dalla madre nel feto richiede test invasivi.

Questo tipo di screening prenatale fornisce un mezzo per rilevare in modo non invasivo e completo un’ampia gamma di malattie Disturbi genetici Senza rappresentare un rischio per il feto o la madre. Incorporare questa tecnologia nelle cure prenatali di routine insieme allo screening ecografico fornirebbe l’opportunità di migliorare i tassi di diagnosi precoce, ridurre il numero di procedure invasive e facilitare interventi rapidi. Sebbene siano necessari studi ampi per verificare questa ipotesi, i risultati di questa indagine (Figura 1B) prevedono un basso tasso di falsi positivi. Tutti i risultati positivi devono essere confermati da test diagnostici prenatali invasivi. Con un tempo di risposta di circa 7 giorni (Figura 1C), lo screening prenatale non invasivo utilizzando il sequenziamento profondo del triplo esoma fornisce risultati tempestivi.

I risultati supportano ulteriori ricerche sul sequenziamento profondo dell’esoma del DNA circolante per rilevare varianti patologiche negli embrioni che presentano o non presentano anomalie strutturali identificabili.